企业价值评估方法的正确运用在于对具体待评估企业具体情况的综合分析和了解。我们在对高新技术企业的评估中发现有这么几个难点：
（1）一部分高新技术公司（包括大部分网络公司）以前乃至目前没有盈利或是盈利甚微。这对评估师来说，意味着无法根据现在的盈利来计算盈利增长率；同时也无法采用基本公式计算增长率：
期望的增长率（EBIT）=资本回报率×再投资率
因为公式中两个输入变量资本回报率与再投资率通常也是根据目前盈利计算出来的。对于亏损公司则无法得到这两个变量
（2）大部分新成立的高新技术公司缺乏历史数据。也就是说：缺乏一定数量的经营信息，这对评估来说，预测和推断将缺乏有说服力的依据。因为评估师通常是利用过去的数据来估计当前的输入变量，如估计风险系数和每年的营运资本。即使有的评估师不采用历史数据，他在估算未来的增长率时，也总是要把算出来的期望增长率和过去的数据相比较，看看是否不会太出格。
（3）对于我国高新技术企业的情况来说，目前缺乏可比公司。这是因为一方面由于高新技术的千差万别，一般很难找到行业、技术、规模、环境及市场都相当类似的可比公司。另一方面，我国的高新技术产业尚未真正形成，公司数量规模有限，而且真正的高新技术企业上市公司极少，所以要进行全面的比较条件还不成熟。而评估师们除了运用历史数据外还常常还要利用可比公司的信息。如果缺乏这方面的信息就会给评估增加更多的难度。
（4）收入确认的问题：由于高新技术企业产品销售和服务的特殊性可能导致其帐面收入与实际收入不符或风险增大。最典型的是软件公司与互联网公司，他们的收入确认问题在会计界引起很大的争论，从而也给评估时对公司历史的或现有的收入进行确认增加了难度。
虽然大部分高新技术企业在评估价值时会出现以上这些难点，但是评估师们还是能够采用具体情况具体分析的办法去处理和解决这些问题。比如说：对于目前仍是负盈利的公司，评估师可以采用盈利正常化、预测收入与利润率以及降低财务杠杆等几种办法。而对于无经营历史或无比较对象的公司我们可以采用公司历史经营数据与可比公司的同步数据相互替代的方法。这些处理方法运用的关键在于对被评估公司的具体分析。
例如在处理公司负盈利的情况时，采用哪一种方法好呢？是把目前的盈利正常化、调节下一个时期的利润率或是降低公司的财务杠杆比率呢？有一个基本的原则就是要弄清楚企业是为什麽亏损的。下面就几种评估难点的处理办法简述如下：
（1）如果公司亏损是由于一些短暂的无规律的影响因素所致：如突然不可预测的汇率改变或其他原因的一次性亏损。那麽，评估师多半应该采用盈利正常化的办法。对于那些周期性较明显的公司的评估来说，应用这个修正的方法也是比较恰当的。至于如何来使盈利正常化将取决于待估公司的特性。如果公司历史较长且规模没有多大的变化，则历史的平均盈利水平可以作为正常化的盈利水平；如果公司历史较长而规模已有变化，则可以用平均利润率来计算正常的盈利水平；如果历史数据十分有限，同行业的盈利水平也在不断变化，则可用行业的平均回报率或利润率来计算正常化的盈利水平。
（2）如果待估公司的亏损是由于长期的经营问题而不是全行业的问题，那末我们就采用预测收入（收入不可能为负数）然后把经营利润率调节到可持续的水平，并与收入的增长率一致。这样的修正方案似乎可以得到更好的评估结果。至于调节的幅度取决于行业的利润率在这段时期是否有所变化，如有，则调到行业平均利润率水平为佳
（3）如果亏损是由于结构性的问题—过多的债务或是公司因要进行重大的基础设施投资而导致一个较长的无利时期：如有线电视网和无线通讯网的建设需要大量的借贷来进行投资。即使在这些初期投资付出以后，公司还有相当长的一段时期财务费用很高，甚至高过营业的收入。此时，公司的亏损不能归结于利润率太低或资本回报率太少，而是由于公司负债太重。评估这类公司时，我们应调节其财务杠杆比率。首先就是要确定公司的最佳负债水平，这可以通过传统的资本成本分析来做到，或是看一看行业的平均水平。在未来一段时期后可以调节到行业的平均水平。至于如何调节，根据情况也可以有许多选择，一个方法就是推迟资本性支出，把折旧来的现金用于支付债务，不过这个方法会对公司的未来增长有影响。另一个方法就是预测公司的收入增长来推动公司价值上升，而负债保持不变，则负债比例下来了。最后一种选择就是出让股权收回借贷。这种方法对亏损公司似乎没有什麽吸引力，可能只是那些已被超重债务压至风雨飘摇状况的准破产公司的唯一选择。
（4）对于那些历史财务数据很少，或者是没有或很少有可比公司的企业来说，评估时我们要充分利用两种数据的相互替代性。即评估一家成立不久的公司时，尽量利用同行业类似公司的资料；而评估一家无可比对象的公司时，尽量利用自身的历史数据。两者的数据可以相互补偿。当然当极个别公司既无历史有无可比对象，我们另当别论再作具体分析。因为实际上我们在采用可比公司的数据时，比较公司的数量并不是唯一的标准。应该还有三个方面的考虑：首先是业务上的类同性，有些公司虽然属于同一行业但总是不生产同一市场的产品。这肯定无法比较。其次是比较公司信息的丰富程度以及公司的稳定性。举例说：汽车行业的公司数远远少于互联网公司，但是前者可利用信息的深度却远大于后者。第三个问题时要考虑可比公司是否展现其生命周期的不同阶段，最好的情况是：评估时我们可以看到可比公司发展的不同阶段的特性—包括高速增长期和随后的稳定增长期。如果有大量的可比公司，但均处于高增长阶段，那末就没有高增长结束后稳定时期的参数了。
（5）关于高新科技企业收入的确认问题，国际会计界已引起重视并有相应的应对措施。评估时应加以注意。
以前，软件公司的会计处理多半是在收到客户付款时就将其确认为收入。美国注册会计师协会（AICPA）在1991年就发布过状况说明书（SOP91-1）也是支持这种处理。但这种会计处理的后果显然进一步加大了这类高新技术企业的收入风险，在会计界的争议很大。于是美国注册会计师协会于1997年在SOP97-2“软件的收入确认”中对原来的收入确认方法作了重大变更。SOP97-2规定，软件销售与服务收入应根据企业与客户签订的有关协议，在产品开发完毕并在应收账款回收、客户接受产品等方面不存在重大不确定性的情况下方可确认。这样就为那些一揽子软件开发协议等各种不确定的情况下收入的确认提供了一个准则：即只有所有的产品服务完成后，才能再确认为收入。虽然SOP97-2针对的是软件的收入确认，但美国会计界普遍认为这种会计处理方法将会被推广应用于其他领域的高新技术企业。
其他诸多问题如研究开发支出的资本化与费用化问题；对于以提供网络、信息服务为主的高新技术企业，在成立初期提供许多免费或低价服务项目以争取客户占领市场，导致巨额营销支出问题；互联网公司广告“互换”收入问题；高科技产品的存货计价问题等等都与高新技术企业的收入的确认有着直接的关系。而对于高新技术企业的会计问题，我国目前尚无相应的制度或准则加以规范，在会计实务中也很不统一。我们可以通过对国际上的有关信息多作些了解和研究，以便把它应用于对我国高新技术企业的会计处理和评估。
